La estructura organizacional del Municipio de Aguarico, obedece a:
- Planificar e Impulsar el desarrollo económico a través del fortalecimiento de la cadena productiva, promoviendo la industrialización y el valor agregado, la comercialización de los productos locales y la promoción del turismo comunitario del territorio cantonal.
- Mejorar y fortalecer el saneamiento y el control ambiental para promover la sustentabilidad ambiental dentro del cantón Aguarico, desarrollando estrategias en saneamiento y control ambiental.
- Fortalecer la infraestructura pública para garantizar el acceso a los servicios básicos de calidad en el sector urbano y rural, implementando programas de desarrollo urbanístico.
- Fortalecer los procesos de participación ciudadana, de las mesas de concertación y los presupuestos participativos.
- Fortalecer la capacidad institucional del Gobierno Autónomo Descentralizado Municipal del cantón Aguarico, para mejora la calidad de atención a usuarios.